М. С. Попцова, Д. А. Гречишникова
Цена: 50 руб.
Обычным методом определения эволюционного родства, или гомологичности, двух последовательностей ДНК является нахождение консервативных участков последовательностей. Однако из отсутствия консервативности на уровне нуклеотидной последовательности не следует отсутствие гомологичности. Необнаруживаемая на уровне первичной последовательности гомологичность может проявляться при переходе на следующий уровень — уровень вторичной
структуры ДНК/РНК. Известно, что вторичные структуры играют важную роль во многих процессах функционирования генома. В статье описан программный комплекс, позволяющий построить профиль консервативности вторичных структур ДНК/РНК. Такой профиль дает возможность исследователю определить позиции консервативных вторичных структур в ДНК или РНК. В работе демонстрируется
использование программного комплекса для поиска консервативной структуры стебель-петля в L1 ретротранспозонах человека.
Ключевые слова: профили консервативности вторичных структур в ДНК/РНК,
структура стебель-петля, L1, LINE ретротранспозоны, динамическое программирование.
REFERENCES
1. Butler, J.E., & Kadonaga, J.T. The RNA polymerase II core promoter: a key
component in the regulation of gene expression. Genes Dev, 2002, 16(20), 2583–2592.
doi:10.1101/gad.1026202
2. Warf, M.B., & Berglund, J.A. Role of RNA structure in regulating pre-mRNA
splicing. Trends Biochem Sci, 2010, 35(3), 169–178. doi:10.1016/j.tibs.2009.10.004
3. Ohshima, K., & Okada, N. SINEs and LINEs: symbionts of eukaryotic
genomes with a common tail. Cytogenet Genome Res, 2005, 110(1–4), 475–490.
doi:10.1159/000084981
4. Smith, G.R. Meeting DNA palindromes head-to-head. Genes Dev, 2008, 22,
2612-2620. doi:10.1101/gad.1724708
5. Wilson, K.S., & von Hippel, P.H. Transcription termination at intrinsic terminators:
the role of the RNA hairpin. Proc Natl Acad Sci U S A, 1995, 92(19), 8793–8797.
6. Henkin, T.M., & Yanofsky, C. Regulation by transcription attenuation in bacteria:
how RNA provides instructions for transcription termination/antitermination decisions.
Bioessays, 2002, 24(8), 700–707. doi:10.1002/bies.10125
7. Haasnoot, P.C., Brederode, F.T., Olsthoorn, R.C., & Bol, J.F. A conserved hairpin
structure in Alfamovirus and Bromovirus subgenomic promoters is required for effi cient
RNA synthesis in vitro. Rna, 2000, 6(5), 708–716.
8. Wyrwicz, L.S., Gaj, P., Hoffmann, M., Rychlewski, L., & Ostrowski, J. A common
cis-element in promoters of protein synthesis and cell cycle genes. Acta Biochim
Pol, 2007, 54(1), 89–98.
9. Bacolla, A., & Wells, R.D. Non-B DNA conformations as determinants of
mutagenesis and human disease. Mol Carcinog, 2009, 48(4), 273–285. doi:10.1002/
mc.20507
10. Needleman, S.B., & Wunsch, C.D. A general method applicable to the search
for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol, 1970, 48(3),
443–453.
11. Cordaux, R., & Batzer, M.A. The impact of retrotransposons on human genome
evolution. Nat Rev Genet, 2009, 10(10), 691–703. doi:10.1038/nrg2640
12. Khan, H., Smit, A., & Boissinot, S. Molecular evolution and tempo of amplifi -
cation of human LINE-1 retrotransposons since the origin of primates. Genome Res,
2006, 16(1), 78–87. doi:10.1101/gr.4001406
13. Malik, H.S., Burke, W.D., & Eickbush, T.H. The age and evolution of non-LTR
retrotransposable elements. Mol Biol Evol, 1999, 16(6), 793–805.
14. Martin, S.L., & Bushman, F.D. Nucleic acid chaperone activity of the ORF1
protein from the mouse LINE-1 retrotransposon. Mol Cell Biol, 2001, 21(2), 467–475.
doi:10.1128/MCB.21.2.467-475.2001
15. Moran, J.V., Holmes, S.E., Naas, T.P., DeBerardinis, R.J., Boeke, J.D., &
Kazazian, H.H.Jr. High frequency retrotransposition in cultured mammalian cells. Cell,
1996, 87(5), 917–927.
16. Usdin, K., & Furano, A.V. The structure of the guanine-rich polypurine: polypyrimidine
sequence at the right end of the rat L1 (LINE) element. J Biol Chem, 1989,
264(26), 15681–15687.
17. Hayashi, Y., Kajikawa, M., Matsumoto, T., & Okada, N. Mechanism by which
a LINE protein recognizes its 3’ tail RNA. Nucleic Acids Res, 2014, 42(16), 10605–
10617. doi:10.1093/nar/gku753
18. Doucet, A.J., Wilusz, J.E., Miyoshi, T., Liu, Y., & Moran, J.V. A 3’ Poly(A)
Tract Is Required for LINE-1 Retrotransposition. Mol Cell, 2015, 60(5), 728–741.
doi:10.1016/j.molcel.2015.10.012
